Že v 90. letih je Krim začel pridobivati mednarodno priznanje. Pod vodstvom vizionarskih trenerjev, kot sta bila Tone Tiselj in Marta Bon, je klub zgradil močno ekipo, ki je kmalu začela osvajati slovenske in mednarodne lovorike.
Najpomembnejši trenutki v zgodovini kluba so prišli v začetku novega tisočletja, ko je Krim Mercator osvojil svoja dva največja naslova v EHF Ligi prvakinj. Prvi vrhunec je prišel leta 2001, ko so igralke Krima po dramatičnem finalu premagale Viborg HK iz Danske in prvič osvojile evropski naslov. V ekipi so takrat blestele igralke, ki so postale legende kluba: Tanja Oder, Branka Jovanović, Tanja Dajčman, Olga Čečkova, Branka Mijatovič, Inna Dolgun, Deja Doler, Monika Gogirla, Anja Frešer, Vesna Horaček, Nataša Derepasko, Agniezska Matuszewska, Sergeja Stefanišin, Maja Mitrović, Mihaela Bobocea, Tiselj, Robert Beguš in Luminita Hutupan.
Leta 2003 je Krim ponovil uspeh in še enkrat osvojil evropski naslov, tokrat proti danskemu klubu Slagelse DT. Ekipa, ki je takrat stopila na vrh Evrope, je združevala mladost in izkušnje, strast in odločnost. Takrat so pod vodstvom glavnega trenerja Tislja nastopale: Mijatovič, Doler, Tanja Oder, Luminita Dinu, Nataliya Derepasko, Frešer, Čečkova, Branka Jovanović, Matuszewska, Katja Kurent, Silvana Ilić, Mira Vinčič, Tanja Tomanović, Sandra Kulaković, Olena Iatsenko, Barbara Gorski in Monika Frol.
Krim Mercator je danes klubov, ki se lahko pohvali z najdaljšim neprekinjenim nastopanjem v EHF Ligi prvakinj. Govorimo o dolgih, kar 30 zaporednih sezonah. To je dosežek, ki priča o vrhunskem delu, vztrajnosti in predanosti kluba. Ni veliko klubov v kateremkoli športu, ki bi se lahko pohvalili s tako dolgotrajno prisotnostjo na najvišjem nivoju.
Tekom zadnjih 29 sezon so se na igrišču zvrstile številne vrhunske igralke, ki so s svojo igro in predanostjo ustvarile bogato zgodovino in prinesle nešteto nepozabnih trenutkov navijačem. V jubilejno 30. evropsko sezono pa klub vstopa pod strokovnim vodstvom glavnega trenerja Dragana Adžića, pomočnika Žiga Novaka, trenerja vratark Aljaža Pavliča, kondicijskega trenerja Marka Felje, fizioterapevta Aldina Muharemovića, članov zdravniške ekipe Žive Otoničar in Mihe Krevsa, videoanalitika Toma Legena ter vodje ekipe Jake Kravanje. Krimove barve pa bo na igrišču branilo naslednjih 23 igralk: Barbara Arenhart, Maja Vojnovič, Amra Pandžić, Dijana Đajić, Jovanka Radičević, Alja Varagić, Philomena Egger, Tamara Mavsar, Jennifer Gutierrez, Ema Abina, Tjaša Stanko, Ana Abina, Betchaidelle Ngombele, Milica Ignjatović, Itana Grbić, Nina Zulić, Tatjana Brnović, Hawa N'Diaye, Tea Pogorelc, Elena Erceg, Grace Zaadi Deuna, Tamara Horaček in Ana Gros. Prav najboljša strelska slovenske izbrane vrste vseh časov v novi sezoni prevzema kapetanski trak od svoje kolegice Barbare Lazović, ki pa je rokometne čevlje obesila na klin.
Ob tej pomembni prelomnici je klub predstavil tudi svojo novo celostno grafično podobo, ki je nastala v sodelovanju s priznanim oblikovalskim studiem ArnoldVuga. Nova podoba kluba združuje tradicijo in sodobnost, kar se odraža v prefinjeni kombinaciji klasičnih in modernih oblikovalskih elementov.
Grb kluba je bil osvežen z minimalističnim in elegantnim dizajnom, ki združuje elemente modre barve, značilne za Krim Mercator, ter simbol dveh dvignjenih rok z žogo, ki skupaj tvorita črko "K". Avtorja nove podobe, David Fartek in Radovan Arnold, sta ob ustvarjanju sledila ideji, da grb odraža moč, ekipni duh in predanost, ki so značilni za klub skozi vsa desetletja njegovega obstoja.
Skladno z novo klubsko strategijo, ki med drugim temelji na postopnem vključevanju mladih Kirmovih in najboljših slovenskih igralk v prvo ekipo Krim Mercator, so se na dogodku mlade igralke z rokometne šole sprehodile po modri modni pisti. Oblečene v trajnostna modna oblačila, ki so nastala iz nekdanjih Krimovih dresov, žog in športnih oblačil. Te unikatne kreacije so rezultat trajnostnega projekta, ki je bil izveden v sodelovanju med RK Krim Mercator, Fakulteto za šport in Katedro za oblikovanje tekstilij in oblačil Univerze v Ljubljani, pod mentorstvom priznane oblikovalke Almire Sadar.
Ob 40-letnici se Rokometni klub Krim Mercator s spoštovanjem in hvaležnostjo ozira na svojo preteklost, hkrati pa z optimizmom zre v prihodnost. "Klub se iskreno zahvaljuje vsem svojim partnerjem, sponzorjem, navijačem in članom, ki so skozi desetletja stali ob strani in pomagali soustvarjati to izjemno zgodbo," so še zapisali pri Krimu v sporočilu za javnost in dodali: "S pogumnimi koraki klub nadaljuje svojo pot v evropskem rokometu, kjer želi ohraniti visoke standarde in postavljati nove mejnike. Nova celostna grafična podoba je simbol koraka naprej, ki združuje preteklost in prihodnost ter obljublja nadaljevanje bogate tradicije zmag in uspehov."